在產(chǎn)品微生物檢測(cè)進(jìn)程中，實(shí)驗(yàn)員們會(huì)接觸到許多不同的微生物種類，小編就來(lái)總結(jié)下檢測(cè)實(shí)驗(yàn)中常檢出的微生物。

大腸菌群

大腸菌群，它不代表某一個(gè)或某一屬細(xì)菌，而指的是具有某些特性的一組與糞便污染有關(guān)的細(xì)菌。

大腸菌群都是直接或直接地來(lái)自人和溫血植物的糞便。普通食品中大腸菌群超標(biāo)，表示食品受動(dòng)溫血植物的糞便污染，其中典型大腸桿菌為糞便近期污染，其他菌屬則能夠?yàn)榧S便的新鮮污染。

人吃了大腸菌群超標(biāo)的食物能夠會(huì)招致：腸道傳染病、食物中毒等。

霉菌

霉菌，是絲狀真菌的俗稱，意即"發(fā)霉的真菌"，它們往往能構(gòu)成分枝茂盛的菌絲體，但又不像蘑菇那樣發(fā)生大型的子實(shí)體。在濕潤(rùn)暖和的中央，很多物品上長(zhǎng)出一些肉眼可見(jiàn)的絨毛狀、絮狀或蛛網(wǎng)狀的菌落，那就是霉菌。

霉菌在我們的生活中無(wú)處不在，它比擬喜愛(ài)于暖和濕潤(rùn)的環(huán)境，一有適宜的環(huán)境就會(huì)少量的繁衍，必需采取措施來(lái)阻止霉菌的繁衍或切斷其傳達(dá)途徑，就可以解脫霉菌的污染。

霉菌毒素對(duì)人主要毒性表如今神經(jīng)和內(nèi)分泌紊亂、免疫抑制、致癌致畸、肝腎損傷、繁衍阻礙等。

酵母

酵母是一些單細(xì)胞真菌，并非系統(tǒng)演化分類的單元。是子囊菌、擔(dān)子菌等幾科單細(xì)胞真菌的通稱，普通泛指能發(fā)酵糖類的各種單細(xì)胞真菌，有的為致病菌。

空氣中、人體中都存在一定數(shù)量的酵母菌，只需在適宜的環(huán)境就會(huì)快速繁衍;吃了酵母菌污染的食品易形成食物中毒，有些免疫力低的人群亦能夠發(fā)作酵母菌感染。

金黃色葡萄球菌

金黃色葡萄球菌是人類的一種重要病原菌，附屬于葡萄球菌屬，有“嗜肉菌"的別稱，是革蘭氏陽(yáng)性菌的代表，可惹起許多嚴(yán)重感染。

金黃色葡萄球菌在自然界中無(wú)處不在，空氣、水、灰塵及人和植物的排泄物中都可找到。因此，食品遭到污染的時(shí)機(jī)很多。美國(guó)疾病控制中心報(bào)告，由金黃色葡萄球菌惹起的感染占第二位，僅次于大腸桿菌。

金黃色葡萄球菌是人類化膿感染中*罕見(jiàn)的病原菌，可惹起局部化膿感染，也可惹起肺炎、偽膜性腸炎、心包炎等，甚至敗血癥、膿毒癥等全身感染。

沙門氏菌

沙門氏菌是一種罕見(jiàn)的食源性致病菌。沙門氏菌屬有的專對(duì)人類致病，有的只對(duì)植物致病，也有對(duì)人和植物都致病。沙門氏菌病是指由各種類型沙門氏菌所惹起的對(duì)人類、牲畜以及野生禽獸不同方式的總稱。

感染沙門氏菌的人或帶菌者的糞便污染食品，可使人發(fā)作食物中毒。據(jù)統(tǒng)計(jì)在世界各國(guó)的種類細(xì)菌性食物中毒中，沙門氏菌惹起的食物中毒常列榜首。

沙門氏菌主要污染肉類食品，魚(yú)、禽、奶、蛋類食品也可受此菌污染。沙門氏菌食物中毒全年都可發(fā)作，吃了未煮透的病、死牲畜肉或在屠宰后其他環(huán)節(jié)污染的牲畜肉是惹起沙門氏菌食物中毒的*主要緣由。

由沙門氏菌惹起的食品中毒癥狀主要有惡心、嘔吐、腹痛、頭痛、畏寒和腹瀉等，還伴有乏力、肌肉酸痛、視覺(jué)模糊、中等水平發(fā)熱、躁動(dòng)不安和嗜睡，延續(xù)時(shí)問(wèn)2～3d，平均致死率為4.1%。

志賀氏菌

志賀氏菌即通稱的痢疾桿菌。痢疾賀志賀氏菌是招致典型細(xì)菌痢疾的病原菌，在敏感人群中很少數(shù)量的集體就可致使病。

志賀氏菌食物中毒是指由志賀氏菌惹起的細(xì)菌性食物中毒。惹起食物中毒的志賀氏菌主要是宋內(nèi)氏志賀菌。主要發(fā)作在夏春季，惹起中毒的食品主要是熱肉制品等。

志賀氏菌侵入腸粘膜組織并釋放內(nèi)毒素惹起癥狀。潛伏期普通10-14h。癥狀為猛烈腹痛、腹瀉(水樣便，可帶血和粘液)、發(fā)熱、里急后重清楚。嚴(yán)重者出現(xiàn)痙攣和休克。

溶血性鏈球菌

溶血性鏈球菌又稱沙培林,對(duì)熱和化學(xué)清毒劑均敏感，常惹起扁桃體、咽部、中耳等感染。亦為腎盂腎炎、產(chǎn)褥熱、猩紅熱的病原體。

普通來(lái)說(shuō)，溶血性鏈球菌常經(jīng)過(guò)以下途徑污染食品：

（1）食品加工或銷售人員口腔、鼻腔、手、面部有化膿性炎癥時(shí)形成食品的污染；

（2）食品在加工前就已帶菌、奶?；蓟撔匀橄傺谆蛐笄菥植炕摃r(shí)，其奶和肉尸某些部位污染；

（3）熟食制品因包裝不善而使食品遭到污染。

溶血性鏈球菌常可惹起皮膚、皮下組織的化膿性炎癥、呼吸道感染、盛行性咽炎的迸發(fā)性盛行以及重生兒敗血癥、細(xì)菌性心內(nèi)膜炎、猩紅熱和風(fēng)干冷、腎小球腎炎等變態(tài)反響。

李斯特菌

李斯特菌，又名單核球增多性李斯特菌、李氏菌，是一種兼性厭氧細(xì)菌，為李斯特菌癥的病原體。李斯特菌是革蘭氏陽(yáng)性菌，屬厚壁菌門，取名自約瑟夫?李斯特。它主要以食物為傳染媒介，是*致命的食源性病原體之一。

李斯特菌在環(huán)境中無(wú)處不在，在絕大少數(shù)食品中都能找到李斯特菌。肉類、蛋類、禽類、海產(chǎn)品、乳制品、蔬菜等都已被證明是李斯特菌的感染源。

李斯特菌感染后安康成人集體可出現(xiàn)細(xì)微相似流感癥狀，重生兒、孕婦、免疫缺陷患者表現(xiàn)為呼吸急促、嘔吐、出血性皮疹、化膿性結(jié)膜炎、發(fā)熱、抽搐、蘇醒、自然流產(chǎn)、腦膜炎、敗血癥直至死亡。

大腸埃希菌

大腸埃希菌是人和植物腸道中的正常棲居菌。大腸埃希菌的致病物質(zhì)之一是血漿凝結(jié)酶。依據(jù)致病性的不同，致瀉性大腸埃希菌被分為產(chǎn)腸毒素性大腸埃希菌、腸道侵襲性大腸埃希菌、腸道致病性大腸埃希菌、腸集聚性黏附性大腸埃希菌和腸出血性大腸埃希菌5種。

罕見(jiàn)中毒食品為各類熟肉制品、冷葷、牛肉、生牛奶，其次為蛋及蛋制品、乳酪及蔬菜、水果、飲料等食品。中毒緣由主要是受污染的食品食用前未經(jīng)徹底加熱。中毒多發(fā)作在3、9月。

不同的致瀉性大腸埃希菌惹起的中毒，癥狀各不相反。

①產(chǎn)腸毒素性大腸埃希菌可惹起水樣腹瀉、腹痛、惡心、低熱。

②腸道侵襲性大腸埃希菌的可惹起發(fā)熱、猛烈腹痛、水樣腹瀉、糞便中有大批粘液和血。

③腸道致病性大腸埃希菌可惹起發(fā)熱、不適、嘔吐、腹瀉、糞便中有少量粘液但無(wú)血，有約20%患者由呼吸道癥狀，感染的癥狀通常比擬嚴(yán)重。

④腸集聚性黏附性大腸埃希菌可惹起成年人1-2天中度腹瀉，嬰幼兒2周以上繼續(xù)性腹瀉。

⑤腸出血性大腸埃希菌可惹起突發(fā)性的腹部痙攣、腹瀉;有些病人由水樣便，轉(zhuǎn)為血性腹瀉，腹瀉次數(shù)有時(shí)可達(dá)10屢次，低熱或不發(fā)熱;許多病人同時(shí)有呼吸道癥狀?？砷_(kāi)展為溶血性尿毒綜合征和血栓性血小板增加性紫癜等多器官損害。老人和兒童患者死亡率很高。

副溶血性弧菌

副溶血性弧菌，為革蘭氏陰性桿菌，呈弧狀、桿狀、絲狀等多種外形，無(wú)牙孢。

進(jìn)食含有該菌的食物可致食物中毒，也稱嗜鹽菌食物中毒。臨床上以急性起病、腹痛、嘔吐、腹瀉及水樣便為主要癥狀。副溶血性弧菌是一種陸地細(xì)菌，主要來(lái)源于魚(yú)、蝦、蟹、貝類和海藻等海產(chǎn)品。此菌對(duì)酸敏感，在普通食醋中5分鐘即可殺死;對(duì)熱的抵抗力較弱。

肉毒桿菌

肉毒桿菌是一種生長(zhǎng)在缺氧環(huán)境下的細(xì)菌，在罐頭食品及密封腌漬食物中具有極強(qiáng)的生活才干，是毒性*強(qiáng)的細(xì)菌之一。肉毒桿菌是一種致命病菌，在繁衍進(jìn)程中分泌肉毒毒素，該種毒素是目前已知的*劇毒物，可抑制膽堿能神經(jīng)末梢釋放乙酰膽堿，招致肌肉松弛型麻木。

肉毒桿菌在自然界散布普遍，土壤中?？蓹z出，偶亦存在于植物糞便中。

人體的胃腸道是一個(gè)良好的缺氧環(huán)境，適于肉毒桿菌寓居。肉毒桿菌屬于厭氧菌，嚴(yán)厲厭氧，在胃腸道內(nèi)既能分解葡萄糖、麥芽糖及果糖，產(chǎn)酸產(chǎn)氣，又能消化分解肉渣，使之變黑，糜爛惡臭。在厭氧環(huán)境中，此菌能分泌劇烈的肉毒毒素，能惹起特殊的神經(jīng)中毒癥狀，致殘率、病死率極高。

攝食肉毒桿菌的食品可引發(fā)食物中毒，如pH>4.6的低酸性罐頭食品(含鐵罐，玻璃罐)或香腸、火腿。人感染肉毒桿菌后會(huì)出現(xiàn)視覺(jué)模糊、呼吸困難、肌肉乏力等癥狀，如病情嚴(yán)重能夠招致死亡。

霍亂弧菌

霍亂弧菌是人類霍亂的病原體,霍亂是一種新鮮且盛行普遍的烈性傳染病之一。曾在世界上惹起屢次大盛行，主要表現(xiàn)為猛烈的嘔吐，腹瀉，失水，死亡率甚高。屬于國(guó)際檢疫傳染病。

人類在自然狀況下是霍亂弧菌的獨(dú)一易感者，傳達(dá)途徑主要是經(jīng)過(guò)污染的水源或未煮熟的食物如海產(chǎn)品、蔬菜經(jīng)口攝入。寓居擁堵，衛(wèi)生狀況差，特別是公用水源是形成爆發(fā)盛行的重要要素。

消費(fèi)中的控制主要是嚴(yán)厲審核原資料的來(lái)源，以及消費(fèi)工序中的滅菌處置。

變形桿菌

變形桿菌是人和植物的寄生菌和病原菌。普遍散布在自然界中，如土壤、水、渣滓、糜爛無(wú)機(jī)物及人或植物的腸道內(nèi)。

可惹起多種感染。中毒食品主要以植物性食品為主，其次為豆制品和涼拌菜，發(fā)病時(shí)節(jié)多在夏、秋，中毒緣由為被污染食品在食用前未徹底加熱，變形桿菌食物中毒是我國(guó)罕見(jiàn)的食物中毒之一。進(jìn)食后2~30小時(shí)出現(xiàn)上腹部刀絞樣痛和急性腹瀉，伴有惡心、嘔吐、頭痛、發(fā)熱。病程較短，普通1~3天可恢復(fù)，很少有死亡。

空腸彎曲菌

空腸彎曲菌菌體輕度彎曲似逗點(diǎn)狀，在暗視野鏡下觀察似飛蠅。有莢膜，不構(gòu)成芽胞。*適溫度為37～42℃。在正常大氣或無(wú)氧環(huán)境中均不能生長(zhǎng)。

空腸彎曲菌是多種植物如牛、羊、狗及禽類的正常旅居菌。在它們的生殖道或腸道有少量細(xì)菌，故可經(jīng)過(guò)火娩或排泄物污染食物和飲水。人群普遍易感，5歲以下兒童的發(fā)病率*，夏春季多見(jiàn)。蒼蠅亦起重要的媒介作用。亦可經(jīng)接觸感染。感染的產(chǎn)婦可在分娩時(shí)傳染給胎兒。

空腸彎曲菌有內(nèi)毒素能侵襲小腸和大腸粘膜惹起急性腸炎，亦可惹起腹瀉的爆發(fā)盛行或團(tuán)體食物中毒。該菌有時(shí)可經(jīng)過(guò)腸粘膜入血流惹起敗血癥和其他臟器感染，如腦膜炎、關(guān)節(jié)炎、腎盂腎炎等。孕婦感染本菌可招致流產(chǎn)，早產(chǎn)，而且可使重生兒受染。

蠟樣芽孢桿菌

芽胞桿菌屬中的一種。菌體細(xì)胞桿狀，末端方，成短或長(zhǎng)鏈，革蘭氏陽(yáng)性。

蠟樣芽胞桿菌與少數(shù)食物中毒有關(guān)(約2–5%)，包括一些嚴(yán)重的惡心、嘔吐以及腹痛。

大約來(lái)說(shuō)，桿菌性食物中毒是由于錯(cuò)誤地烹調(diào)方法形成細(xì)菌孢子殘留在食物上，更蹩腳的是食物被不當(dāng)冷凍而讓孢子發(fā)芽。細(xì)菌繁衍的結(jié)果是發(fā)生腸毒素，人食用含毒素的食物后會(huì)發(fā)生嘔吐、腹瀉等不良癥狀。

耶爾森氏菌

耶爾森菌屬于腸桿菌科，包括鼠疫耶氏菌、小腸結(jié)腸炎耶氏菌與假結(jié)核耶氏菌等十余個(gè)菌種，這是一類革蘭陰性小桿菌。

其鼠疫耶氏菌、小腸結(jié)腸炎耶氏菌與假結(jié)核耶氏菌對(duì)人類的致病性已明白，其中鼠疫耶氏菌具有F1、V/W、Pgm、Pst1等重要的毒力因子，毒力很強(qiáng)，大批細(xì)菌即可使人致病。本屬細(xì)菌通常先惹起嚙齒植物、牲畜和鳥(niǎo)類等植物感染，人類經(jīng)過(guò)接觸已感染的植物、食入污染食物或節(jié)肢植物叮咬等途徑而被感染。

阪崎腸桿菌

阪崎腸桿菌是乳制品中近幾年新發(fā)現(xiàn)的一種致病菌。阪崎腸桿菌能惹起嚴(yán)重的重生兒腦膜炎、小腸結(jié)腸炎和菌血癥，死亡率高達(dá)50%以上。目前，微生物學(xué)家尚不清楚阪崎腸桿菌的污染來(lái)源，但許多病例報(bào)告標(biāo)明嬰兒配方粉是目前發(fā)現(xiàn)的主要感染渠道。

感染性疾病是當(dāng)今世界嚴(yán)重要挾人類安康的嚴(yán)重疾病。目前，全球感染性疾病的發(fā)病率有所上升，病原體出現(xiàn)多樣化和復(fù)雜化的開(kāi)展趨向。近年來(lái)快速開(kāi)展的NGS技術(shù)因其不依賴于已知核酸序列，無(wú)需特殊探針設(shè)計(jì)，可直接對(duì)未知病原微生物停止檢測(cè)，打破了傳統(tǒng)微生物檢驗(yàn)的局限性，在臨床微生物范圍展現(xiàn)了寬廣的前景。

感染性疾病簡(jiǎn)介

感染性疾病多為細(xì)菌、病毒和真菌等病原體及其產(chǎn)物所惹起的局部或全身性炎癥或器官功用阻礙，具有較大的危害性和較高的病死率。目前，全球感染性疾病的發(fā)病率有所上升，病原體出現(xiàn)多樣化和復(fù)雜化的開(kāi)展趨向。

重癥急性呼吸綜合征、新型冠狀病毒感染、新變異型克雅病、H7N9 禽流感等新發(fā)感染性疾病不時(shí)出現(xiàn)。而HIV、多重或廣譜耐藥的結(jié)核分枝桿菌、沙眼支原體等經(jīng)典感染性疾病病原體又死灰復(fù)燃或出現(xiàn)新的致病特征。各種新發(fā)和再發(fā)的感染性疾病、不易發(fā)現(xiàn)的多重感染以及不明病因的發(fā)熱等，都給人類安康帶來(lái)了龐大的要挾，因此，臨床上對(duì)感染性疾病診斷的準(zhǔn)確性和時(shí)效性提出了更高的要求。

感染性疾病診斷現(xiàn)狀

快速、準(zhǔn)確的診斷是有效治療、病情監(jiān)測(cè)和控制疾病蔓延的重要前提。隨著分子檢測(cè)技術(shù)的不時(shí)開(kāi)展和完善，分子檢測(cè)在病原微生物感染診斷及治療監(jiān)測(cè)上的臨床運(yùn)用日益普遍，已成為一些重要的感染性疾病的診斷和療效評(píng)價(jià)中不可缺少的重要工具。目前常用的病原微生物分子檢測(cè)方法主要包括：基于PCR的電泳法、實(shí)時(shí)熒光定量PCR（QPCR）、數(shù)字PCR、基因芯片技術(shù)、測(cè)序技術(shù)（Sanger測(cè)序技術(shù)、焦磷酸測(cè)序技術(shù)、高通量測(cè)序技術(shù)）等。

在感染性疾病范圍中，取得病原體的活體（關(guān)于細(xì)菌、真菌、病毒而言，主要是培育陽(yáng)性），是感染性疾病診斷的金規(guī)范，但病原體的體外培育耗時(shí)普遍較長(zhǎng)，操作步驟繁瑣，且絕大少數(shù)病原體不可培育；免疫學(xué)方法（如補(bǔ)體結(jié)合實(shí)驗(yàn)、中和實(shí)驗(yàn)、酶聯(lián)免疫吸附實(shí)驗(yàn)、免疫熒光法和酶標(biāo)斑點(diǎn)免疫法等）操作復(fù)雜，但由于病原體種類單一，已研發(fā)的抗原、抗體數(shù)量遠(yuǎn)遠(yuǎn)不能滿足市場(chǎng)需求；PCR 檢測(cè)具有極高的靈敏度和特異性，但無(wú)法完成高通量篩查，檢出率較低；基因芯片技術(shù)只能對(duì)已知的病原體基因組停止意向性篩查， 而無(wú)法檢測(cè)新的未知病原體。據(jù)統(tǒng)計(jì)，約70%的感染性疾病患者因傳統(tǒng)檢測(cè)方法無(wú)法確定病原體信息，不能失掉及時(shí)有效地救治，從而使病情好轉(zhuǎn)。因此，快速、特異且高通量的病原體檢測(cè)方法，對(duì)有效診斷和及時(shí)防治感染性疾病具有重要的意義。

近年來(lái)快速開(kāi)展的NGS技術(shù)因其不依賴于已知核酸序列，無(wú)需特殊探針設(shè)計(jì)，可直接對(duì)未知病原微生物停止檢測(cè)，打破了傳統(tǒng)微生物檢驗(yàn)的局限性，在臨床微生物范圍展現(xiàn)了寬廣的前景。

NGS 在臨床微生物檢測(cè)中的運(yùn)用

1. 感染性疾病的病原體鑒定

傳統(tǒng)的病原微生物鑒定方法主要有涂片鏡檢、分別培育、生化反響和質(zhì)譜等方法，但其存在周期長(zhǎng)、進(jìn)程復(fù)雜及靈敏度高等缺陷，如分枝桿菌菌種鑒定需求長(zhǎng)達(dá)30～40 d的時(shí)間，而一些苛養(yǎng)菌及病毒對(duì)培育條件要求*苛刻，甚至不能培育。以PCR 為基礎(chǔ)的分子診斷技術(shù)處置了上述局部病原體鑒定的效果，但難以處置未知微生物的檢測(cè)難題未知微生物在未知核酸序列時(shí)無(wú)法設(shè)計(jì)引物，成為這類技術(shù)的*阻礙。NGS檢測(cè)則無(wú)需對(duì)病原體停止分別培育，也不依賴已知核酸序列，可直接對(duì)標(biāo)本停止測(cè)序鑒別，大大節(jié)省了檢測(cè)時(shí)間，提高了診斷效率，在對(duì)未知物種及難以培育的病原體鑒定方面具有無(wú)與倫比的優(yōu)勢(shì)。

NGS 在病原體鑒定方面的運(yùn)用主要有2種方式 ， 即rRNA基因測(cè)序和全基因組測(cè)序（whole genome sequencing, WGS）。rRNA 基因測(cè)序在臨床上常用于細(xì)菌、真菌的鑒定，同時(shí)也是菌群剖析的基礎(chǔ)。WGS與rRNA基因測(cè)序相比，可獲取的信息愈加片面，適用于病毒鑒定。因大局部病毒不可培育，且高度變異，NGS 與 Sanger測(cè)序、基因芯片等法相比，效率更高，且無(wú)需設(shè)計(jì)特定探針，更適宜用于復(fù)雜臨床標(biāo)本中的病毒鑒定。

2. 病原體分型及盛行溯源

病原體分型方法包括基因組重復(fù)序列擴(kuò)增、隨 機(jī)擴(kuò)增多態(tài)性 DNA、脈沖場(chǎng)凝膠電泳、多位點(diǎn)序列分型技術(shù)等。這些技術(shù)可檢測(cè)病原體的型別，但分辨率較低，關(guān)于相似或變異度極高的病原體如病 毒等則常無(wú)法區(qū)別，而 NGS則補(bǔ)償了此項(xiàng)缺陷，其可檢測(cè)病原體全基因組序列，取得全部遺傳信息，被以為是分辨率*的病原體分型方法。近年來(lái)，隨著抗生素的不規(guī)范運(yùn)用甚至濫用，使細(xì)菌耐藥狀況日益突出，耐藥菌株在醫(yī)院內(nèi)的爆發(fā)盛行時(shí)有發(fā)作。因此，對(duì)盛行細(xì)菌停止追蹤和溯源十分重要。在對(duì)耐藥菌等病原體停止分型的基礎(chǔ)上，判別同源性遠(yuǎn)近，分辨出不同的退化路途，可追蹤或預(yù)防盛行性疾病的大爆發(fā)。

3. 病原體耐藥及毒力特征檢測(cè)

在抗生素和宿主免疫等多重要素的壓力下，病原體在毒力和耐藥方面均發(fā)作了相應(yīng)改動(dòng)。各種高毒力株及耐藥株的出現(xiàn)是招致感染性疾病發(fā)病率和病死率居高不下的重要緣由。臨床上病原體耐藥及毒力特征的檢測(cè)慣例采用體外藥物敏感性實(shí)驗(yàn)、耐藥菌表型檢測(cè)或核酸擴(kuò)增等方法。這些方法操作繁瑣，且較費(fèi)時(shí)、費(fèi)力。NGS 通量高、快速，在一次測(cè)序反響中即可取得細(xì)菌整個(gè)基因組的耐藥、毒力等相關(guān)基因信息，同時(shí)還可對(duì)目的基因、基因定位、基因環(huán)境、質(zhì)粒相關(guān)序列等展開(kāi)片面研討，有助于提醒病原體毒力及耐藥機(jī)制，對(duì)臨床治療及指點(diǎn)用藥均具有重要意義。

4. 與人體疾病相關(guān)的微生態(tài)失衡宏基因組

宏基因組學(xué)（Metagenomics）以微生物生態(tài)群落中一切微生物的基因組為研討對(duì)象，經(jīng)過(guò)研討群落中物種組成和功用組成、同一個(gè)群體內(nèi)不同微生物的相互作用、微生物群落與宿主之間的相互作用，并停止不同表型的樣品比擬、剖析，來(lái)解釋生物學(xué) 現(xiàn)象。近年來(lái)，NGS 技術(shù)越來(lái)越普遍地被運(yùn)用于腸道微生物范圍的宏基因組學(xué)研討。多項(xiàng)研討標(biāo)明，腸道菌群與宿主共生并共退化的進(jìn)程中，在營(yíng)養(yǎng)、代謝及免疫等多個(gè)方面影響著人體安康。腸道微生態(tài)失衡與人體多種疾病，如感染性疾病、瘦削癥、糖尿病、肝病、冠心病及腫瘤等之間存在親密關(guān)系。

腸道微生物宏基因組學(xué)研討則為研討腸道微生物與相關(guān)疾病的關(guān)系開(kāi)拓了新途徑，是近年來(lái)研討的熱點(diǎn)。腸道微生物中關(guān)鍵功用菌更是有能夠成為疾病診治的新型生物標(biāo)志物和治療靶點(diǎn)。此外，病毒宏基因組測(cè)序直接以環(huán)境中一切病毒的遺傳物質(zhì)為研討對(duì)象，可快速鑒定一切病毒組成，在對(duì)已知或未知病毒病原體的及時(shí)發(fā)現(xiàn)和靜態(tài)監(jiān)測(cè)等方面具有突出優(yōu)勢(shì)，對(duì)病毒感染性疾病的防治有 重要意義。NGS因其測(cè)得數(shù)據(jù)量大、本錢低、速度快的特點(diǎn)，無(wú)疑將成為研討腸道微生物和宏基因組學(xué)的有力工具。

NGS 在運(yùn)用中面臨的應(yīng)戰(zhàn)

目前，NGS 技術(shù)慣例運(yùn)用于臨床病原學(xué)檢測(cè)仍存在很多實(shí)踐效果:

• 病原體鑒定的準(zhǔn)確度很大水平取決于剖析的參考數(shù)據(jù)庫(kù)的范圍和完整性;
• 臨床標(biāo)本的復(fù)雜性，能夠使病原體信息太少而招致數(shù)據(jù)喪失或病原體數(shù)據(jù)混雜在正常菌群中難以區(qū)分;
• NGS測(cè)序數(shù)據(jù)的解讀至關(guān)重要，測(cè)序的長(zhǎng)度、數(shù)量、質(zhì)以及試劑能夠的細(xì)菌污染，均可影響病原體識(shí)別，招致標(biāo)本中細(xì)菌多樣性估量過(guò)高;
• 目前尚未樹(shù)立不同標(biāo)本測(cè)序前處置和參數(shù)設(shè)置的一致規(guī)則，微生物 NGS測(cè)序質(zhì)量評(píng)價(jià)、質(zhì)量控制體系亦尚在樹(shù)立中。

中國(guó)基因檢測(cè)行業(yè)市場(chǎng)快速開(kāi)展，增長(zhǎng)速度遠(yuǎn)超全球水平，未來(lái)市場(chǎng)空間龐大，估量2020年將增長(zhǎng)至378.8億元人民幣。我國(guó)作為人口大國(guó)，基因檢測(cè)行業(yè)已成為國(guó)度“精準(zhǔn)醫(yī)學(xué)”戰(zhàn)略規(guī)劃的重要組成局部，開(kāi)展前景寬廣，而病原微生物基因檢測(cè)的市場(chǎng)有愈加寬廣的空間值得我們?nèi)ラ_(kāi)拓。

參考來(lái)源：

1. 新一代測(cè)序技術(shù)在臨床微生物檢測(cè)中的運(yùn)用

2. 感染性疾病病原學(xué)診斷新技術(shù)與臨床運(yùn)用戰(zhàn)略

3. 宏基因組測(cè)序在感染性疾病病原體檢測(cè)中的運(yùn)用